Coinlabo: électrophorése

Séparation de l'ADN en Agarose

% Agarose (m/v)	Echelle de séparation d'ADN linéaire (kb)
0,3	5 - 60
0,6	1 - 20
0,7	0,8 - 10
0,9	0,5 - 7
1,2	0,4 - 6
1,5	0,2 - 3
2,0	0,1 - 2

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Séparation de l'ADN en Acrylamide

% Acrylamide (m/v)	Echelle de séparation d'ADN linéaire (pb)
3,5	1000 - 2000
5,0	80 - 500
8,0	60 - 400
12,0	40 - 120
15,0	25 - 150
20	6 - 100

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Tampons d'électrophorése les plus courants

Tampon	Composants (1X)	Recette pour faire 1l de 10X
Gels non dénaturants
Tris-Acetate (TAE)	0,04 M Tris-Acetate / 0,001 M EDTA, pH 8,3	Tris base 48,4 g glacial acetic acid 11,4 ml Na₂EDTA 0,5 M 20,0 ml (pH 8,0)
Tris-Phoshate (TPE)	0,08 M Tris-Phosphate / 0,002 M EDTA, pH 8,0	Tris-base 108,0 g Phosphoric acid (85%) 15,5 ml Na₂EDTA 0,5 M 40,0 ml (pH 8,0)
Tris-Borate (TBE)*	89 mM Tris-Borate / 2 mM EDTA, pH 8,3	Tris base 108,0 g Boric acid 55,0g Na₂EDTA 9,3 g
Gels dénaturants
MOPS	20 mM Morpholinopropanesulfonic acid, pH 7,0 / 5 mM Sodium acetate / 1 mM Na₂EDTA

*On peut utiliser du TBE 0,5X pour les gels d'Agarose
Pour la séparation en gels polyacrylamide, on utilise du TBE 1X
Les solutions concentrées de TBE développent un précipité blanc losqu'elles sont stockées trop longtemps, si c'est le cas, il faut jeter la solution.

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Gels d'Agarose dénaturants

	Acide Nucléique	Principe	Tampon de gel	Tampon de migration	Tampon de charge
Gels alcalins (McDonell et al., 1977)	ADN seul	Le tampon de migration alcalin dénaturel'ADN	50 mM NaCl / 1 mM Na₂EDTA (le pH doit être neutre car l'Agarose s'hydrolyse à pH alcalin et haute température)	30 mM NaOH / 1 mM Na₂EDTA (il faut laisser le gel dans le tampon pendant 1/2 h avant de le charger)	resuspendre l'ADN dans: 50 mM NaOH / 1 mM Na₂EDTA / 3% (m/v) Ficoll 400 / 0,025% (m/v) Xylene cyanol
Gels au Glyoxal (Bailey et Davidson, 1976)	ADN, ARN	Les acides nucléiques sont dénaturés par le glyoxal avant l'électrophorése	10 mM Sodium Phosphate, pH 7,0 (pH neutre car le Glyoxal se dissocie des acides nucléiques à pH> 8,0)	Le même que celui du gel (il faut faire circuler le tampon pendant l'électrophorése)	resuspendre l'acide nucléique dans: 8µl 1 M Glyoxal / 50% (v/v) DMSO / 10 mM Sodium Phosphate, pH 7,0. Incuber 1h à 50 °C, refroidir puis ajouter: 2µl 10 mM Sodium Phosphate, pH 7,0 / 50% (v/v) Glycérol / 0,4% (m/v) Bleu de Bromophénol
Gels Formaldéhyde (Rueger et al., 1996)	ARN (ADN)	Les gels migrent en présence de formaldéhyde qui dénature les acides nucléiques.	MOPS 1X / 2% (v/v) Formaldéhyde	1X MOPS	préparer extemporanément: 250 µl formamide (déionnisée) / 83 µl formaldéhyde / 37% (m/v) 50µl 10X MOPS / 0,01% (m/v) Bleu de Bromophénol. Ajouter l'ARN et chauffer 10 mn à 65°C puis refroidir sur glace.

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